El primer templo a la Virgen del Rocío se levantó en tiempos de Alfonso X, y después se ha ido transformando
No obstante en todo este tiempo, y con el paso de los años, sufrió varias transformaciones. Por la época en la que se construye su estilo es el mudéjar, aunque muy sencillo. Posee techumbre de madera a dos aguas y compás y se encontraba orientada al sur.
Hacia el 1760 se bendice un nuevo templo más amplio, ya en que en aquellos años las romerías y el culto a la Virgen del Rocío iban en aumento progresivo, y de ahí la necesidad de la ampliación con la nueva construcción, que esta vez se orienta de este a oeste. Su estilo vuelve a estar basado en el mudéjar, pero ya va apareciendo el barroco en su fachada y en su maravilloso retablo, una obra que ha quedado instalada en la nueva Capilla Sacramental que se inaugura en el presente año 2008.
El santuario no sufre variaciones hasta el año 1915, en el que se le cambia la techumbre y se le modifican algunas dependencias. Sin embargo, no se le efectúan más reformas hasta la década de los cuarenta, en la que se le decoró la fachada con azulejos.
Pero la ermita vuelve a quedarse pequeña debido al incremento que año tras año adquiere la Romería, en especial, y todos los cultos del año, en general, y se empieza a pensar en construir un nuevo santuario acorde con las necesidades del momento. Para ello, se recibe el impulso del primer Obispo de Huelva, Monseñor Pedro Cantero Cuadrado. Lo expreso públicamente y lo expuso en Solemne Pontifical aduciendo que la Virgen merecía un templo mas digno y en consonancia con la devoción rociera y con la riqueza sencilla y necesaria para su culto.
La hermandad Matriz Almonteña acepta el reto y en un Cabildo que se celebra en el año 1961 aprueban la construcción del nuevo santuario que actualmente está en la Aldea.
En el año 1963 se traslada la Virgen a Almonte y en julio del mismo año se oficia la última Misa por el Capellán de la Virgen, don Francisco Guevara Sánchez.
La primera piedra fue lógicamente colocada por Monseñor Pedro Cantero Cuadrado el domingo 26 de Enero de 1964, acto brillantísimo al que asistieron las autoridades regionales y rocieros de todas las Hermandades que en aquel año estaban afiladas.
Mientras duraron los trabajos del nuevo templo, la Virgen fue situada en una pequeña capilla provisional, que se levantó en la parte izquierda de la fachada, esquina al Real. Su constructor fue el vecino de Almonte Isabelino Bañes Huelva.
Hubo importantes donaciones para la ejecución de la obra, entre las que destaca la de la solería por la Hermandad de Triana, y la puerta metálica por el Sr. Cambra que fue hermano mayor de la Hermandad de Huelva.
La Hermandad Matriz solicitó ayuda económica al Ayuntamiento almonteño, correspondiéndole éste con la entrega de un millón de pesetas para el buen fin de la construcción del santuario.
El 12 de abril del año 1969 la Virgen entraría solemnemente en el nuevo santuario donde actualmente recibe culto público.
